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哥斯拉在三原山消失以后，超级X的残骸被回收，无情牟取暴利的生物工艺学企业联合所属的突击队找到G细胞，却被沙拉迪亚共和国所雇用的刺客SSS9偷走。中东石油国沙拉迪哥斯拉在三原山消失以后，超级X的残骸被回收，无情牟取暴利的生物工艺学企业联合所属的突击队找到G细胞，却被沙拉迪亚共和国所雇用的刺客SSS9偷走。中东石油国沙拉迪亚计划利用哥斯拉细胞中自我再生的力量创造出能在沙漠中生长的小麦，但是生物工艺学企业联合炸毁沙拉迪亚的实验室，销毁G细胞的同时也把主持该项目的白神博士的女儿英理加炸死，白神博士黯然回到日本。 五年后，三原山的火山活动转趋活跃，少女三枝未希的超能力使政府发现哥斯拉又开始活动。哥斯拉细胞被从储藏室拿出，用以研究噬核细菌(ANB)，白神博士也参加了这计划。五年前，为了保存女儿的生命，白神将英理加的细胞与玫瑰细胞融合在一起，现在，他想要将这些玫瑰都救回来，因此秘密地将哥斯拉细胞加入玫瑰细胞里。 生物工艺学企业联合所派人前往白神博士的实验室窃取ANB，但被SSS9击败。忽然SSS9三人被一个有触手的东西攻击。联合所的人被杀，SSS9则逃跑了。几天后，芦之湖巨大生物碧奥蓝蒂出现，它综合了人类、玫瑰以及哥斯拉的细胞。 ANB完成以后，生物工艺学企业联合恐吓若不把ANB交给他们，就用炸药让哥斯拉从火山出现。就在政府与联合所做交易时，埋伏的SSS9出现抢走了ANB及雷管。哥斯拉从三原山被放出，朝向东京湾前进。 哥斯拉在Uraga海峡被超级X2拦截。配备有可反射怪兽热线的反射镜，超级X2重创哥斯拉。但是哥斯拉凶猛地攻击，最后导致反射镜融化，超级X2失控。此时，哥斯拉感受到碧奥蓝蒂，于是它便转向前往芦之湖。哥斯拉轻而易举地打败碧奥蓝蒂，使它着火，灰烬散发在天空。经过一番战斗，被射入哥斯拉体内的ANB发挥效用，力量被明显消弱的哥斯拉笨拙地走进海里，走进不确定的将来。……详情