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故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力不同，可以分为6级，从无能力（Lv0）到超能力（Lv5）。故事的主人公上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能效果无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过着不幸的生活。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女，这位少女自称自己的名字叫禁书目录（Index），并是从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔术师追赶中。就这样，上条当麻一脚踏进了奇妙而美丽的世界，开始了战斗……掌握了十万三千本究极魔法书（魔导书）的少女与拥有抹杀一切奇迹的上帝之手的少年，将面临一系列故事…………详情